Апарат управління та адміністрація:

1. Адміністрація інституту.

2. Апарат управління.

3. Науково-дослідницькі підрозділи.

Відділ епідеміології та профілактики основних стоматологічних захворювань,
дитячої стоматології та ортодонтії.

Сектор молекулярно-генетичних досліджень.

Експериментальний відділ:

* лабораторія біохімії та віварій;

* лабораторія розробки та досліджень засобів гігієни ротової порожнини;

* сектор експериментальної патології;

* сектор біофізики та функціональної діагностики.

4. Науково-організаційний та патентно-інформаційний відділ.

5. Відділ хірургічної стоматології та щелепно-лицевої хірургії.

6. Науково-клінічні підрозділи.

Відділення стоматології дитячого віку та ортодонтії.

Кабінет стоматологічної анестезіології.

Консультативно-поліклінічне відділення.

Відділення щелепно-лицевої хірургії.

Відділення вроджених та набутих патологій щелепно-лицевої ділянки.

Хірургічна амбулаторія.

7. Параклінічна служба

Кабінет рентгенодіагностики.

Клінічна лабораторія.

Кабінет фізіотерапії та функціональних досліджень.

8. Підрозділи загального медичного забезпечення

Загальнолікарняний персонал.

Відділ з інфекційного контролю.

Центральне стерилізаційне відділення.

9. Господарський підрозділ