1932 р. - Всеукраїнський державний інститут стоматології в Одесі; 1949 – Український науково-дослідний інститут стоматології; 1962 – Одеський науково-дослідний інститут стоматології. У 2000 році інститут увійшов до складу Національної академії медичних наук України, 2007 – Державна установа «Інститут стоматології Національної академії медичних наук України». З 2016 року має назву, яку носить і сьогодні – Державна установа «Інститут стоматології та щелепно-лицевої хірургії Національної академії медичних наук України».
Керівниками інституту були: проф. Клейтман І.А. (1928-1934); проф. Новик І.І. (1934-1941); проф. Кухарева М.М. (1944-1959); проф. Марченко О.І. (1959-1973); проф. Варава Г.М. (1973-1990); д.мед.н. Скляр В.Ю. (1990-1992); член-кор. НАМН України, проф. Косенко К.М. (1992 - 2013); проф. Шнайдер С. А. (2014 - по теперешній час).
Перед інститутом під час його організації були поставлені задачі:
організация державної зуболікувальної допомоги населенню Республіки; удосконалення та підвищення кваліфікації зубних лікарів; наукові дослідження в області стоматології.
Основні види діяльності установи на цей час: науково-дослідна; консультативна та лікувально-профілактична; координаційна та організаційно-методична; експертна; навчальна; виробнича; видавнича.
Основні напрями наукової діяльності: наукове та організаційно-методичне забезпечення реформування стоматологічної допомоги населенню в умовах переходу до ринкової системи господарювання; вивчення епідеміології та моніторінг стоматологічної захворюваності в Україні; дослідження фізіолого-біохімічних механізмів патогенезу основних стоматологічних захворювань; розробка методів та засобів діагностики, профілактики та лікування стоматологічних захворювань, розробка національних стандартів на вироби стоматологічного призначення і їх гармонізація з міжнародними стандартами ISO і EN.
Структура інституту: апарат управління, науково-оганізаційний відділ, 4 науково-експериментальних і 5 науково-клінічних підрозділів, клініка на 75 ліжок у складі 3 лікувальних і 6 допоміжних підрозділів, а також адміністративно – управлінських і господарських служб. Потужність поліклініки – 250 відвідувань в зміну. Щорічно у поліклініці проходять лікування до 16600 хворих, в стаціонарі – до 1700.
В інституті працюють один член-кореспондент УААН, кількість наукових співробітників становить – 42, з них 9 докторів наук (7 професорів), 26 кандидатів наук. Лікарський штат складає 47 осіб, серед них 16 лікарів мають наукову ступінь кандидата медичних наук, 33 - вищу, 4 – першу, 8 – другу категорію.
Працівники Інституту нагороджені Почесними грамотами Верховної Ради – 4; Кабінета Міністрів – 2; Міністерства охорони здоров’я України – 10; Національної Академії медичних наук України – 20; Орденом «За заслуги» Ш ступеня – 2. Присвоєно почесні звання «Заслужений лікар України» – 3, «Заслужений діяч науки та техніки» – 1 співробітнику інституту.
За роки існування інституту проведено довгостроковий моніторінг стану стоматологічної допомоги населенню різних районів України. Підготовлено методичні та керівні матеріали (накази, програма профілактики та лікування стоматологічних захворювань на 2002-2007 рр., кон’юктурні огляди, методичні рекомендації), направлені на поліпшення діяльності стоматологічної служби країни. Розроблено галузеві стандарти акредитації державних та недержавних стоматологічних установ. Визначено роль адаптаційно-трофічних систем організму у формуванні резистентності до основних стоматологічних захворювань, що дозволило запропонувати використання адаптогенів рослинного походження для профілактики та лікування стоматологічних захворювань. Розроблено лікувально-профілактичні та гігієнічні засоби із застосуванням компонентів рослинного походження для профілактики та комплексного лікування стоматологічних захворювань.
Видано 50 монографій, опубліковано більш 3700 статей, зареєстровано 585 винаходів, створено більш 175 рецептур гігієнічних та лікувально-профілактичних засобів для ротової порожнини, в тому числі 2 адгезиви, 5 пародонтальних пов’язок, 12 адаптогенних препаратів рослинного походження, розроблено 3 стоматологічні сплави, зареєстровано 170 виконаних в інституті науково-дослідних робіт, підготовлено 32 доктори та 199 кандидатів наук з 9 спеціальностей.
З 1994 року інститут займається випуском науково-практичного журналу «Вісник стоматології», з 2001 року на базі інституту працюють Проблемна комісія МОЗ та НАМН України зі стоматології, а з 2002 року – спеціалізована вчена рада по захисту докторскьких і кандидатських дисертацій за фахом «стоматологія» Д 41.563.01